1985 senesinde Adana Tufanbeyli Lisesi’nden mezun olduktan sonra, aynı yıl girdiği Marmara Üniversitesi İİBF İngilizce Uluslararası İlişkiler bölümünü 1990 yılında bitirmiştir. 1990-1991 yıllarında uluslararası demiryolu taşıması faaliyetleri yürüten Transtren’de iş hayatına atılmıştır. 1991-1992 yıllarında askerlik yükümlülüğünü Kara Harp Okulu Bilgi Toplama ve Yayınlama Dairesinde yedek subay olarak yerine getirmiştir. 1992 yılında katıldığı Arkas Holding’de sırasıyla denizyolu, karayolu, forwarding, lojistik, demiryolu bölümlerinde çalışmıştır. Holdingin demiryolu ağının değişik bölgelerdeki demiryolu terminalleri ile birlikte oluşturulması, Türk limanları arasında konteyner gemileri ile kabotaj taşımalarının hayata geçirilmesi, Arkas Lojistik’in BDT ülkelerinde yapılanması gibi stratejik görevler üstlenmiş ve askılı konteyner, reefer konteyner taşıma amaçlı jeneratörlü dorse, inner liner bag ile dökme yüklerin taşınması, flexitank ve coiltainer gibi özel taşıma ekipmanlarının geliştirilmesinde rol üstlenmiştir. 2017 yılından bu yana aynı holdingin, malzeme elleçleme ve depo ekipmanları üreticisi Alman STILL GmbH ile ortaklığı olan STILL Arser firmasının yönetim kurulu üyeliği ve genel müdürlük görevlerini yürütmektedir.
İstif Makinaları Dağıtımcıları ve İmalatçıları Derneği ISDER’in yönetim kurulu üyeliğinin yanı sıra, yarı zamanlı olarak üniversitede “Uluslararası Ticarette Lojistik” dersleri vermektedir.
İyi derecede İngilizce bilen Mustafa Çiper evli ve iki çocuk sahibidir.